Phần lớn địa bàn thị trấn Nếnh hiện nay trước đây thuộc xã Hoàng Ninh thuộc huyện Việt Yên.

Ngày 20 tháng 2 năm 2003, Chính phủ ban hành Nghị định 16/2003/NĐ-CP[1]. Theo đó, thành lập thị trấn Nếnh trên cơ sở 348,58 ha diện tích tự nhiên và 4.271 người của xã Hoàng Ninh (gồm làng Yên Ninh, Phố Nếnh và làng Ninh Khánh); 211,97 ha diện tích tự nhiên và 2.861 người của xã Quảng Minh (gồm làng Sen Hồ).

Sau khi thành lập, thị trấn Nếnh có 560,55 ha diện tích tự nhiên và 7.132 người. Xã Hoàng Ninh còn lại 680,83 ha diện tích tự nhiên và 8.690 người.

Làng Yên Ninh xưa thuộc tổng Dật Ninh, huyện Yên Dũng, phủ Lạng Giang, xứ Kinh Bắc; về sau tổng Dật Ninh được chuyển sang huyện Việt Yên, phủ Bắc Hà.

Làng Yên Ninh, nằm bên cạnh Quốc lộ 1A từ Hà Nội đi Lạng Sơn. Đây là một trong các làng nhiều tiến sĩ nho học vào loại nhất Việt Nam, với 10 người đã đỗ tiến sĩ trong các khoa thi từ năm 1469 đến 1619. Người đầu tiên đỗ đại khoa là tiến sĩ Thân Nhân Trung. Trung bình, cứ 15 năm làng Yên Ninh lại có một tiến sĩ. Đặc biệt gia tộc của tiến sĩ Thân Nhân Trung trong 3 thế hệ đóng góp 4/10 người đỗ tiến sĩ của làng. Các thành viên của gia tộc này đều làm quan trong thời vua Lê Thánh Tông.

Trước khi sáp nhập, thị trấn Nếnh có diện tích 5,66 km², dân số là 9.082 người, mật độ dân số đạt 1.605 người/km². Xã Hoàng Ninh có diện tích 6,86 km², dân số là 11.114 người, mật độ dân số đạt 1.620 người/km².

Ngày 21 tháng 11 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 813/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Bắc Giang (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 1 năm 2020)[3]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Hoàng Ninh vào thị trấn Nếnh.